Si les milieux humides stagnants ont été autrefois considérés comme insalubres et souvent asséchés pour être urbanisés ou cultivés, on reconnaît aujourd’hui leur valeur écologique. 30 % des oiseaux nicheurs, les seize espèces d’amphibiens d’Île-de-France, certaines espèces comme la couleuvre à collier, la musaraigne aquatique ou le castor en dépendent. La trame bleue, réseau écologique composé des cours d’eau et de leurs zones humides attenantes, constitue l’un des leviers pour assurer la protection et le développement de ces milieux. En trente ans, l’Île-de-France a gagné 36 % de plans d’eau sur son territoire ; on dénombre 8 342 kilomètres de cours d’eau et de canaux, ainsi que 800 hectares de prairies humides et près de 30 000 mares. Plusieurs mesures et lois y ont participé, telles que les lois sur l’eau de 1964 et de 1992 ou la loi sur l’eau et les milieux aquatiques de 2006. Si le nombre d’espèces de poissons dans la Seine a doublé ces trente dernières années, il n’en demeure pas moins que les poissons migrateurs, comme le saumon atlantique, la grande alose, l’esturgeon, la truite de mer ou l’anguille, doivent faire face à l’artificialisation des lits du fleuve, aux écluses, aux barrages, à la surpêche et à l’introduction d’espèces exotiques.
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Animaux