Fongicide efficace et bon marché, le chlorothalonil a été utilisé pendant des décennies sous de multiples formes, allant des préparations phytosanitaires pour les cultures (marque Bravo) aux peintures antifouling des plaisanciers, en passant par des enduits de protection des boiseries. Sa toxicité pour les milieux aquatiques étant évidente, il a été interdit pour les peintures antifouling par un arrêté du 21 août 2008. Plusieurs études ont montré qu'il restait détectable à l'état de trace dans le milieu marin des années plus tard (comme dans cette étude réalisée sur le bassin d'Arcachon en 2013).
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